親和層析主要依靠蛋白質與介質配體間特異性的可逆結合作用進行分離。配體可直接與目標蛋白質結合，也可以與蛋白質共價結合的標簽結合。親和層析通常在純化工藝的前期應用，可將目標物質快速的從樣本中捕獲出來，基于后續應用的要求，可能只需要一步親和層析即可獲得純度合格的蛋白質。

蛋白質和親和介質不結合

Q:標簽未翻譯或標簽被包裹在結構內部

A:檢查質粒序列或將標簽移到其他位置，標簽移到其它位置扔被包裹在結構內部時，就要將標簽暴露出來（如用尿素變性，但尿素變性性只有部分標簽蛋白可以和親和填料結合如His標簽蛋白和金屬螯合填料，但GST標簽和GST填料就不能在親和結合）

Q:結合緩沖液不合適及層析柱沒平衡好

A:調整緩沖液，如金屬螯合介質和His標簽蛋白結合時pH應在7.3-8.5之間，在如肝素親和介質和DNA聚合酶結合時鹽濃度太高影響結合，應控制在50mM以下。層析柱沒平衡好，柱床體系中的環境如pH，離子強度也會影響結合，層析上樣前要充分的平衡層析柱。

Q:結合時間不夠

A:降低上樣流速讓蛋白和介質有充分的接觸時間。

Q:層析介質選的不合適

A:親和介質分類，一類是特異性結合一種蛋白，另一類是特異性結合一類蛋白。如蛋白a介質結合一種蛋白，而肝素介質結合一類蛋白。所以選擇的時侯我們一定要了解其原理。

親和層析介質的分類

Q:蘇州藍曉生物都有那些親和介質

A:金屬螯合親和層析介質

?Ni Seplife FF(IDA/NTA/TED)

GST標簽蛋白純化親和介質  

?Glutathione Seplife 4FF    

抗體純化親和介質    

?rProtein A Seplife Suni    

?rProtein A Seplife Suno    

?rProtein G Seplife 4FF    

質粒DNA親和層析介質    

?Plasmid Seplife LX    

絲氨酸蛋白酶親和層析介質    

?Benzamidine Seplife 4FF    

肝素親和層析介質    

?Heparin Seplife CL-6B    

?Heparin Seplife FF    

硼酸親和層析介質    

?Boricacid Seplife 4FF    

藍色染料親和層析介質    

?Blue Seplife FF    

?Red Seplife FF    

預活化介質    

?Epoxy Activated Seplife 4FF    

?CNBr Activated Aeplife 4FF    

蛋白質結合在親和柱床中未洗脫出

Q:蛋白和介質結合力過強

A:增加洗脫強度，比如his蛋白和鎳柱結合，可以增加取代基咪唑的濃度。

Q:蛋白聚集在層析柱上

A:通過調整層析過程的緩沖液增加蛋白的穩定性，改善蛋白在層析柱上的狀態。聚集在層析柱上時就要對層析柱進行CIP清洗。

蛋白經親和層析后低分辨率（洗脫后純度低）

Q:層析過程流速的影響

A:調整層析過程的流速，流速影響蛋白質和介質的親和力，層析時要選擇合適的流速。

Q:柱床未充分淋洗

A:上樣后，要對柱床進行充分的淋洗，將未和介質結合的留在介質顆粒間隙，孔內的蛋白洗出來，在洗脫。

Q:蛋白之間的非特性結合

A:優化體系緩沖液，比如加入10%的甘油等減少蛋白之間的非特異性結合。

Q:介質的非特異性結合

A:優化緩沖液，減少層析過程的非特異性結合，如His蛋白用金屬螯合填料純化時，可以在緩沖液中加入300mM的氯化鈉，減少蛋白和介質的非特異性結合。

Q:洗脫過程的影響

A:如肝素柱子洗脫過程中拉合適的鹽梯度可以提高特異性，His標簽蛋白和金屬螯合介質結合后，洗脫時拉咪唑梯度可以提高純度。

蛋白質純化過程中失活

Q:蛋白去折疊或聚集

A:優化緩沖液使其利于蛋白質保持穩定。蛋白質在介質上的高密度下容易聚集可以添加一些蛋白的增溶劑等。

Q:純化過程中保持蛋白的活性的輔助因子被去除

A:如一些酶類的活性需要金屬離子輔助其活性，在純化過程中就要添加蛋白的活性輔助因子。