蛋白質作為生命活動的主要執行者，絕大多數疾病的發生都與其結構、功能密切相關。因此，想要對某一特定的蛋白進行分析與研究則成為一項頗為棘手的問題。

此時，蛋白標簽（Protein tag）開始著手解決這些問題。

蛋白質的檢測方法最為應用廣泛的是免疫分析，常用的方法有：WB（Western Blot）、ELISA（Enzyme Linked Immunosorbent Assay）、IP（Immunoprecipitation）等。免疫分析需要將目標蛋白作為抗原，注射動物，然后從免疫血清中分離抗體，根據抗原-抗體間的免疫反應進行特異性檢測。這種方法最大的缺陷就是每更換一個目標蛋白就要制備一個對應的抗體，操作繁瑣，成本昂貴。融合標簽的使用，使蛋白質免疫分析走向通用化和便利化。我們將特定的標簽與目標蛋白融合后，兩者是共同表達的，通過檢測融合標簽，可以得到目標蛋白的表達情況。

蛋白標簽（Protein tag）技術是指利用基因克隆手段，將具有特定功能的多肽，蛋白質結構域，甚至完整蛋白質與目標蛋白融合在一起，以實現目標蛋白的表達純化，檢測和示蹤等應用的技術。蛋白標簽融合已經成為蛋白質研究中最常用的技術之一。

經過長期的研究，目前已經開發出一些比較成熟的檢測標簽，下面就挑幾個來介紹一下：

幾種常規蛋白純化標簽比較

HIS標簽

His標簽是當前最為熱門的標簽蛋白之一。His6是指六個組氨酸殘基組成的融合標簽，可插入在目的蛋白的C末端或N末端。當某一個標簽的使用，一是能構成表位利于純化和檢測；二是構成獨特的結構特征（結合配體）利于純化。組氨酸殘基側鏈與固態的鎳有強烈的吸引力，可用于固定化金屬螯合層析（IMAC），對重組蛋白進行分離純化。

Flag-tag

Flag標簽蛋白為編碼8個氨基酸的親水性多肽（DYKDDDDK），同時載體中構建的Kozak序列使得帶有FLAG的融合蛋白在真核表達系統中表達效率更高。

AviTag

是一個15個氨基酸的短肽，具有一個單生物素化賴氨酸位點，與已知天然可生物素化序列完全不同，可以加在目標蛋白的N端和C端。融合表達后，可被生物素連接酶生物素化，為了純化重組蛋白選用低親和性的單體抗生物素蛋白或抗生物素蛋白衍生物，除了用于蛋白質分離純化，還用于蛋白質相互作用研究。

SNAP-Tag 

SNAP-Tag是從人的O6-甲基鳥嘌呤-DNA甲基轉移（O6-alkylguanine-DNA-alkyltransferase）獲得。SNAP所帶的活性巰基位點接受了苯甲基鳥嘌呤所攜帶的側鏈苯甲基基團，釋放出了鳥嘌呤。這種新的硫醚鍵共價結合使SNAP所帶的目的蛋白攜帶上了苯甲基基團所帶的標記物。 

檢測：生物素或各種顏色熒光的底物（如熒光素、若丹明）可滲透進入細胞，方便快捷地進行活細胞內SNAP-Tag融合蛋白的標記與檢測。它們也可特異性地標記大腸桿菌，酵母和哺乳動物等細胞抽提液或已經純化的蛋白液中的SNAP-tag融合蛋白。 

GST（谷胱甘肽巰基轉移酶）

GST標簽蛋白本身是一個在解毒過程中起到重要作用的轉移酶，它的天然大小為26KD。GST融合表達系統廣泛應用于各種融合蛋白的表達，可以在大腸桿菌和酵母菌等宿主細胞中表達。結合的融合蛋白在非變性條件下用10mM還原型谷胱甘肽洗脫。GST標簽可用酶學分析或免疫分析很方便的檢測。標簽有助于保護重組蛋白免受胞外蛋白酶的降解并提高其穩定性。

純化：該表達系統表達的GST標簽蛋白可直接從細菌裂解液中利用含有還原型谷胱甘肽瓊脂糖凝膠親和樹脂進行純化。

如果要去除GST融合部分，可用位點特異性蛋白酶切除。

GFP

GFP（綠色螢光蛋白）是由下村修等人在水母中發現的。它在藍色波長范圍的光線激發下，會發出綠色螢光。GFP標簽可位于蛋白質的C端或N端，該系統已廣泛應用于各種細胞類型，包括細菌、酵母和哺乳動物細胞等，相應的GFP標簽抗體也被廣泛應用。GFP在檢測蛋白表達、蛋白和細胞熒光示蹤、研究蛋白質之間相互作用和構象變化中，起到了重要的作用。

常規化的c-Myc

C-Myc標簽蛋白，是一個含11個氨基酸的小標簽，它作為抗原表位表達在不同的蛋白質框架中可識別其相應抗體。C-Myc tag已成功應用在Western-blot雜交技術、免疫沉淀和流式細胞計量術中，可用于檢測重組蛋白質在靶細胞中的表達。

熒光素酶（luciferase）:

來源于生物體內的熒光素，常見的有螢火蟲熒光素酶、海腎熒光素酶和Guassia熒光素酶。這些熒光素酶作為“報告蛋白”被用于分子生物學研究中，這種技術被稱為報告基因檢測法或螢光素酶檢測法（Luciferase Assay）。跟普通融合蛋白標簽不同，使用熒光素酶構建的報告基因可用作目的基因的定量分析。因此常用于研究啟動子、miRNA 3'UTR克隆的功能與調控，因為它們對目的基因的調控可以是漸變的，而不是簡單的開和關兩種狀態。

廣泛使用的融合標簽的分子量比較

蛋白純化 ：標簽的普遍用途是蛋白純化。小分子6XHis Tag常被用于細胞內源蛋白的純化。6XHis Tag也廣泛應用于大腸桿菌的蛋白純化。可是哺乳動物細胞中因非分泌蛋白自身存在高組氨酸背景，因此極少使用6XHis Tag。

Western Blot檢測：若需要做Western Blot實驗來檢測細胞裂解物中蛋白的表達，你可以選擇有匹配的抗體的小分子標簽。FLAG? Tag以其分子量小以及擁有許多與之匹配的商業化的抗體等優勢，成為Western Blot實驗中常用的Tag。

免疫沉淀反應：FLAG? Tag其分子量小以及擁有大量相匹配的商業用抗體等優勢成為免疫沉淀反應中最常用的Tag. 其他常用的標簽有：HA和cMyc.

該圖顯示了免疫共沉淀的步驟。首先，裂解您的樣本，以釋放蛋白。向試管中添加裂解液的同時，加入靶向融合標簽的抗體，抗體會識別融合標簽。然后抗體與蛋白 A 或 G 偶聯微珠結合，后者拉出您的目標蛋白，以及與之復合的其他蛋白。

活細胞成像：熒光蛋白（Fluorescent Proteins, FPs）是活細胞成像常用的標記蛋白。其中最常用的是綠色熒光蛋白（GFP）和它的衍生物（CFP, YFP, etc.），以及一些紅色變體，如dTomato和mCherry.

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2、考慮融合標簽的影響

任何一類標簽處于氨基酸序列的任一位置，都具有影響目的蛋白表達或功能的可能性。最主要原因是標簽可能會干擾蛋白的正確折疊，致使目的蛋白失活或形成包涵體。其次，標簽可能會中斷亞細胞定位信號，這種情況下，蛋白能夠正確翻譯和折疊，但在細胞內所處的位置是錯誤的。因此，您需要知道添加的標簽對目的蛋白的表達是否有影響。

3、考慮是在N-端還是C-端標記

N-端或C-端標記的選擇還需要根據蛋白結構、定位等特性。然而，倘若你沒有確切的蛋白結構，或蛋白功能域圖譜，建議分別構建N-端標記和C-端標記的表達克隆，以檢測哪個更有效。