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溶菌緩沖液和純化工藝的前期步驟中常常會添加蛋白酶抑制劑以防止目標蛋白質被內源性蛋白酶酶解。而純化工藝的后期一般不用再添加這些蛋白酶抑制劑，因為此時幾乎所有的蛋白酶都已經從目標蛋白質分離出去。蛋白質的保存緩沖液中通常要添加金屬螯合劑，如EDTA或EGTA。這些金屬螯合劑與 Mg2+結合以防止目標蛋白質被所含的金屬蛋白酶分解。還有一些其他的添加劑，主要是用來保護蛋白質不被破壞和增強其溶解性。

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在生物制藥、結構研究、體外生物化學分析等很多應用中都需要進行蛋白質等生物分子純化。蛋白質可以從組織中獲取，亦或更經常的是從模式生物中過量表達獲得，如細菌、酵母或哺乳動物細胞培養等。蛋白質純化主要是根據它們理化性質的差異來從原料種進行分離純化，其目的就是獲得最多且高純度的功能蛋白質。一個好的蛋白質的純化過程必須要將其純化工藝步驟優化至最少。

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蛋白質純化工藝中的其他因素也會對蛋白質的穩定性產生影響。對蛋白質的處理步驟越少越好，在最短時間內采用最少步驟的純化工藝才能保證得到最高產率的活性蛋白質。而且，在整個純化過程中，蛋白質最好都保持在低溫狀態。一般純化過程都在4°C進行,因為這個溫度既可以降低酶解速度（在含有蛋白酶的情況下），又可以保證蛋白質的結構完整性。

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Ni Seplife FF(TED)——耐受性好，可以耐受100mM EDTA，非常適合真核外泌蛋白的純化。可直接使用NaOH在位清洗，無需脫鎳掛鎳，省時省力。含有8M尿素及6M鹽酸胍的樣品用此鎳層析填料影響結合，低豐度的樣品結合效率效率差。