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開始純化蛋白前應先制備初始樣品。真正進行蛋白純化的操作之前，首要考慮是目的蛋白的來源。樣品來源可為原始樣品，例如肝臟，肌肉或腦組織。當前，更為常見的是從重組來源的樣品純化蛋白質。一些重要決定需要提前考慮以便優化后續的純化。研究者需要考慮蛋白質的最終用途（例如治療性生物藥，酶測定，結構研究，抗體生成），因為這將決定最終蛋白質制備所需的量和純度。盡管蛋白質表達的詳細討論超出本文范圍，但是在這一點上仍有幾個值得考慮的基本點，因為它們直接影響后續的蛋白純化。

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一些重要決定需要提前考慮以便優化后續的純化。研究者需要考慮蛋白質的最終用途（例如治療性生物藥，酶測定，結構研究，抗體生成），因為這將決定最終蛋白質制備所需的量和純度。盡管蛋白質表達的詳細討論超出本文范圍，但是在這一點上仍有幾個值得考慮的基本點，因為它們直接影響后續的蛋白純化。

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洗脫峰雜質多，可能原因：非特異性結合，清洗不徹底，降解等。解決方法：蛋白純化過程加蛋白抑制劑防止降解，上樣完后要徹底清洗，加一定的NaCl和咪唑減少非特異性結合。使用幾次后，介質結合效率降低，柱效降低。可能原因：介質上沉積大量雜質等。解決方法：徹底清洗，IDA/IMAC脫鎳再生處理。

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慢病毒純化相關層析介質：每一步工序后，在開始下一步工序都要考慮病毒粒子濃度及緩沖液體系的匹配性，必要的情況下都要進行超濾過程調整病毒粒子濃度及置換緩沖液。層析過程中，體系pH7.0-9.0更利于HCP和多模式及陰離子交換介質的結合。